(一)多类型关联交易混合控制，关联交易定价方法不透明、不固定，企业利润水平偏低。主要表现为定价方法和政策为境外母公司掌控，定价方法在年度间甚至年度内不固定，关联与非关联交易利润率水平差异较大，母公司限定关联交易息税前完全成本加成率，企业利润水平偏低，与企业实际经营情况和行业发展趋势不符。
(二)关联购销比重不大或无关联购销往来，但向境内外关联方支付名目繁多的费用，有的支付名目和方向年度间有重大变化。如管理服务费、市场推广费、财务税收管理支持费、特许权使用费、审计服务费等，其相关性、真实性、合理性有待核查。近年来，部分外资企业将征税项目(技术提成费等)改为不征税项目(管理服务费、调试指导费等)，向母公司关联支付费用改为向母公司的境外子公司支付费用，关联支付改为非关联支付的趋势越来越明显。
(三)更多地通过境内公司，内关联转让定价、支付多种名目管理服务费问题日益突出。因不同地区企业之间的税收优惠、财政返还政策差异，诱使部分企业更多地通过境内关联交易定价和支付费用的方式，使利润发生地区间转移的现象也日益增多。企业应得利润与其在产业或产品价值链上实际利润不相称，与同行业独立企业利润水平相比明显偏低。
(四)股权架构复杂多变，隐匿真实关联关系和关联交易，或对交易活动进行实质控制转移利润。主要表现为股权在关联企业之间频繁变更，特别是“爷爷辈”以上控制方的股权转让，或平价低价转让股权，逃避非居民企业所得税。隐匿真实的关联关系和关联交易，实质性管理或控制未申报关联关系和关联交易，长期处于亏损或微利状态。改变销售模式和渠道，使客户结构变化，申报关联交易额大幅下降。
(五)实际受益人身份存疑，外方股东行为不合常规，有逃避税收的重大嫌疑。主要表现为外方股东变更为
香港、新加坡等有协定优惠缔约国的投资性公司，管理人员很少且多为境内人员兼职，专管境内被投资企业咨询服务并分取利润。还有外方股东默认容忍境内被投资企业多年不分配或少分配账面利润，另为境内被投资企业融资，或收取大额咨询服务费，既有逃避非居民企业股息分配税收扣缴嫌疑，也有利用非贸易方式转移利润避税之嫌。
(六)母子身份互换，外资境内新投资企业。外资转内资，或将主要业务或部分职能转到关联内资企业。原先境外上市子公司变更为投资控股或管理母公司，向境内公司收取管理服务费或跨境融资费用。部分海外上市的大型外资企业新投资建立新公司，转移主要业务。部分返程投资性质的非居民股东撤资，或将股权转给境内关联企业或个人。设立“桥”公司人为分割跨境关联交易，将销售职能转移到母公司在
北京、
上海等地设立的子公司或销售公司，有的外资企业将主要业务转移到关联内资企业，缩减外资企业规模。
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