1.泄漏。CCS项目通过人为封存温室气体改变了地层构造。因此，泄漏是此类项目首要担忧的问题。CO2的泄漏包含两种情景，即突发性泄漏和缓慢泄漏。突发性泄漏是指由于注入井破裂或通过废弃井造成的CO2的突然和快速释放。缓慢泄漏是CO2通过未被发现的断层、断裂等平缓弥散和释放。围绕CCS项目产生的CER是否能够被稳定有效地封存一直是CCS项目谈判中的焦点，也是此类项目不同于其他项目的地方。项目签发的CER，可能是临时的CER，因为一旦泄漏发生，这部分减排量很可能被撤回，这也正是这类项目最特殊的地方。因为这一特殊性，项目变得异常复杂。一旦泄漏发生，项目参与方首先要补偿产生的损失，同时应消除因此产生的影响。这就衍生了此类项目更为复杂的另外两个焦点，即补偿和资金。
2.补偿。CCS项目CDM周期一般不低于30年。为补偿这期间可能发生的损失，联合国执行理事会设计了一套复杂的规则：首先，在此类项目签发的时候，要求项目参与方必须在CDM登记处内建立一个“储备账户”，其中由项目产生的CER单位分配的5％被追溯到任何渗漏（称为“储存的净逆转”）。如果不够，那么将从待处理帐户中抵销。依旧不够时，CDM注册管理员将从项目参与者的帐户（通常定义为“持有帐户”）进行抵销。如果核证减排量仍不足以抵消所见的排放量，项目参与方必须将相当于未付金额的其他配额（分配数量单位，核证减排量，减排单位和清除单位）转移到为此目的设立的注销登记处。这就是基于缔约方之间利益产生的国际规则。
3.资金。除了扣除泄漏的减排量，项目参与方还需提供一系列资金以保证在漫长的项目周期中足额赔付任何补偿。这些资金将被用于：清洁发展机制项目最后一个计入期结束后或最后一批核证减排量发布后至少20年的持续监测，核查和认证费用（以先发生者为准）；如果出现渗漏，则由于非永久性而取消信用相关的成本；与执行东道缔约方国家立法所要求的补救行动相关的费用；履行项目批准时主办方确定并包含在项目设计文件中任何其他要求的成本。
根据东道缔约方的法律和法规或在项目参与方破产的情况下，将此类财务准备转移给东道缔约方。CCS项目业主申请CER资金的补贴是因为他们没有足够的资金运行此类项目，而事先需要提供的资金保障更让这类项目雪上加霜。即使EB成立了CCS工作组，并有一系列相关机构支撑CCS方法学的开发工作，但是时至今日，没有任何一个CCS方法学被提交，这就是CCS在清洁发展机制时期方法学开发的窘境。
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