第二阶段始于 2009 年，二氧化
碳排放量限额为 2049 万吨。
碳交易系统所覆盖的行业增加了
航空业。欧盟也是在这一阶段将甲烷等六种温室气体纳入交易体系。欧盟碳排放交易体系从原本的欧盟成员国家，逐渐扩大到冰岛、列支敦士登和挪威。碳配额分配方式与第一阶段类似，90%的碳配额是免费分配的。其中八个国家，包括 德国、英国、荷兰、奥地利、爱尔兰，匈牙利，捷克共和国和立陶宛采用免费分配和拍卖, 约占总配额的3%。在第二阶段开始定性限制和定量限制，定性限制包括允许除 LULUCF 和核能之外的大多数 CDM/JI 碳信用，对于大型水电项目的要求。定量限制包括对与 CDM 和 JI 信用额度的百分比限制。由于 2008 年收到
金融危机的影响，欧盟企业所需要的碳排放量大幅下降，从而导致碳排放配额供给严重过剩，因此碳价也处在低位。
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