除了顶层设计，吴德林指出，
深圳碳市场的建设和成功运行还离不开奖优惩劣的分配机制。针对制造业企业产出水平波动大、产品异质性强等问题，提出以单位增加值碳强度为基准进行配额分配，既能够将高度异质的产品标准量化，又能够良好地与城市和区域碳强度管控目标相挂钩。针对政府与制造业企业之间严重的信息不对称问题，创造性地应用了有限理性重复博弈理论，提出独特的碳配额分配方法并将其转化为易于操作的分配软件，达到了既能控制
碳排放总目标、实现碳强度下降；又能适度调整分配配额，使配额分配与经济发展挂钩。
“经过10年的实践，我们发现在碳市场上大部分企业是盈利的，少部分企业是要付出的，总体水平是72%以上的企业在碳市场上是获益的，所以企业积极应对碳市场、积极去履约能激发企业发展的内在动力。”刘洋表示，这也表明碳市场并不是一个阻碍经济发展、阻碍企业发展的市场，实际上能起到奖励先进、惩罚落后的作用，最终助力产业的转型升级。
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