EU-ETS覆盖下的企业除了通过自主减排，或购买配额的方式完成减排任务之外，还可以使用清洁发展机制产生的“排放减量权证（CER）”，或者“联合履约（JI）”产生的“减排单位（VER）”抵减自身排放。CER与VER在EU-ETS市场上与“欧盟排放配额（EUA）”有同等效力。由于在第一阶段期间发展中国家CDM项目供给量规模巨大，导致EU-ETS配额供给超过预期，统计数据显示2006、2007年CER占EU-ETS市场配额供给总量的30%左右，进一步增加了第一阶段原本已经过剩的配额供给。从第二阶段开始，欧盟开始限制《京都议定书》下外部市场减排指标的使用数量，规定EU-ETS覆盖企业使用CER和ERU总量平均不能超过总配额的13.5%[1]。第二阶段未使用的CER和ERU在第三阶段仍可以使用，只是要计入第三期信用牌照使用限制数量中。
将CER和ERU等减排指标纳入EU-ETS对
碳市场的积极作用在于，降低了EUA的市场价格，即企业的履约成本。对全球总体而言，将CDM与JI市场与EU-ETS市场链接，为欧洲以外的地区推进减排提供了现实的激励，在全球产生了显著的减排效应。然而市场链接带来的主要问题在于放松了配额总量的供给，削弱了欧洲本土减排效果。此外，由于CER与ERU的供给外生于EU-ETS系统，因而会对交易市场的价格稳定性造成冲击。
Helm（2003）指出，如果不限制外部减排指标的使用，则EU-ETS市场上EUA与CER、ERU之间的价差将会刺激CEM与JI项目，从而导致大量的廉价减排指标。这会给《京都议定书》非附件一国家，以及部分排放配额较宽松的附件一国家带来巨额的收益，激化不同国家间因减排成本差异造成的分歧，也会产生跨市场套利的空间，降低市场的公平性。限制外部减排指标的使用比例，可以限制外部主体过度参与市场，一定程度上提高市场的稳定性。
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