然而，CCUS技术也面临着很多挑战和困难。首先，从稀薄的空气中捕获二氧化碳在技术上是很困难的，需要消耗大量的
能源。其次，在烟囱里捕获高浓度的二氧化碳虽然简单一些，但是封存的成本仍然很高。把二氧化碳重新压缩成液态，不仅花费更多的能源和金钱，其体积也会比最初从地下获取时大得多（大约5倍）。这是因为当它出现的时候主要是碳，当它返回的时候是碳和很多氧。人们建议把碳放到其他地下储存库，或者放在海底，那里的水压可以抑制它。但是，一旦出现漏洞，所有的努力成果就会成为泡沫。
最重要的一点是，即使我们能让CCUS正常工作，也必须用额外的零碳能源来运行它，增加碳固存这一步骤反而让能源生产变得更复杂、更昂贵了。捕获每吨二氧化碳可能要花费1000美元，最乐观的估计是每吨300美元。这就相当于在燃煤发电成本上增加30美分/千瓦时，或者在天然气成本上增加15美分/千瓦时。既然在大多数能源市场上，可再生能源已经可以与煤炭和天然气竞争，而且无论是自愿还是强制
碳市场，碳捕捉的成本都远高于市场上的碳价。为什么不把补贴给到其他清洁技术，反而要多此一举呢？
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