根据《管理办法》，新的签发流程为：
项目业主编制项目设计文件、审定与核查机构(以下简称“第三方机构”)出具审定报告——项目业主及第三方机构分别公示上述文件——项目业主向注册登记机构申请减排项目登记——项目业主编制减排量核算报告、第三方机构出具减排量核查报告——项目业主及第三方机构分别公示上述文件——项目业主向注册登记机构申请减排量登记——CCER登记完成，进入交易市场交易。
在此基础上，《管理办法》也规定了对项目业主、第三方机构的监管措施。
如只有获得市场监管总局认证的第三方机构，才可从事CCER的审定与核查;省级生态环境主管部门有权对本行政区内的CCER开发进行监管检查;对于有弄虚作假行为的项目业主及第三方机构，执行罚款、取消资质、暂停已签发CCER交易等处罚措施。
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