在反刍动物生产中，常用的离子载体抗生素有链霉菌生产的莫能菌素、盐霉素、拉沙里菌素、莱特洛霉素等。这类具有多样化学结构的化合物，一般通过锚定在革兰氏阳性菌和原虫的细胞膜上，通过消除细胞膜内外的H+浓度差，导致细胞凋亡；这样的结果会导致瘤胃菌群丰度偏向革兰阴性菌，继而提高丙酸的发酵，减少氢气的生成。
产甲烷菌抑制剂包括醌类物质、溴氯甲烷、氯化甲烷、2-溴乙烷磺酸、3-硝基氧基丙醇（3-NOP）等，它们一般作为底物或者酶因子的类似物抑制甲烷通路中的酶促反应。多卤素化合物是研究较多的一类抑制剂，加入合适的剂量后甲烷减排效果可以达到20%以上，其机制与抑制甲基辅酶M生成有关。3-NOP是一种作为甲基辅酶M还原酶类似物的小分子有机化合物，研究表明3-NOP能够直接作用于产甲烷菌，增加丙酸比例。众多动物试验的结果表明3-NOP是安全的，目前已在全球多个国家获得批准使用。
益生菌可以在瘤胃内有效定植或者短期停留，从而改变瘤胃内代谢效率和酶活性。瘤胃中的产乙酸菌、产琥珀酸菌、硫酸盐还原菌、乳酸菌都可以通过还原作用与产甲烷菌竞争利用氢。研究表明在绵羊日粮中加入生黄色瘤胃球菌后不仅可以提高营养物质消化率、瘤胃发酵能力，还可以降低体外甲烷排放浓度。
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