除了人的因素，目前证券行业的数字化转型，还面临着其他的问题与困难。
首先面临的是跨部门协同问题，国信证券指出，券商业务是基于原有的牌照优势发展起来的，各业务板块大多围绕牌照来开展，这也导致业务板块之间呈现相互割裂局面。在数字化转型过程中，要求总部的管控能力、中后台的专业能力及时跟上，通过设定数字化转型的愿景和目标，统一组织，高效协调，及时打通各个独立的业务模块，为客户提供更高效、更便捷的服务。
如何真正实现“业技融合”，同样是证券业实现
金融科技有效发展的痛点之一。东北证券指出，目前部分券商理解的数字化转型仍然是传统IT转型，转型方向以优化工具效率、优化系统架构、引入新工具进行科技应用为主要目的，而非由业务战略驱动、与业务有机结合的数字化转型。这样一来，虽然券商的单点单线技术能力有所提升，但顶层驱动力不足，业务参与感弱，组织支撑也不配套，因此很难取得可观的业务效果。
并且，当下券商的数字化战略高度同质化，大家一味追赶业界“时髦”趋势而未充分结合自身业务基础，未能制定出符合自身业务目标的数字化蓝图，数字化转型节奏与业务发展需求脱节，导致资源盲目投入与重复建设。开展数字化转型的初心应是推进业务变革，寻找运营业绩改善和业务增收的机会。技术创新是达成目标过程中运用的工具和手段；而不应盲目比拼信息技术支出，陷入技术投入陷阱。
德邦证券亦提出，科技的引领与溢出是数字化转型的长久目标，当前大多证券机构都处于科技支撑阶段，证券公司如何构建业务科技协同机制，科技先行，发挥科技背后的价值，是未来数字化转型必争之地，业技融合程度也将决定证券公司在数字化转型赛道领先趋势。
此外，兴业证券认为，证券行业外购系统比例较高，正成为各类数字化应用创新的瓶颈，完全自主研发又存在核心系统风险，因此在数字化转型过程中，需要高度重视科技能力建设，坚持关键技术自主可控原则，不断提高自主研发能力，同时加强技术
供应链安全管理。
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