增值税一般纳税人取得增值税专用发票等扣税凭证，需按规定办理认证，并向主管税务机关申报抵扣，否则不得作为合法的增值税扣税凭证，不能作为进项税额抵扣。增值税扣税凭证还曾存在规定的认证期限，凡逾期未申报认证的，一律不得作为扣税凭证。发票认证（勾选确认）期限从最早的90天（自2003年3月1日起）到180天（自2010年1月1日起），自2017年7月1日起，由180日延长至360日。《国家税务总局关于取消增值税扣税凭证认证确认期限等增值税征管问题的公告》（国家税务总局公告2019年第45号，以下简称45号公告）取消了增值税扣税凭证的勾选、确认和申报期限。需要注意的是，上述规定是针对增值税一般纳税人取得2017年1月1日及以后开具的增值税专用发票等增值税扣税凭证。增值税进项税额必须在完成认证这一规定操作后抵扣，因而，账外经营的增值税进项税额抵扣与企业所得税的成本项目税前扣除在所属期归属上形成明显差异。
纳税人采用账外经营手段，通常未取得增值税扣税凭证；或虽取得扣税凭证，因担心出现购销不匹配、存货周转率异常等涉税问题，未按规定办理认证或申报。对纳税人账外经营取得的增值税扣税凭证，抵扣时间需视其在增值税发票综合服务平台勾选、确认抵扣用途的所属月份，而并非按照增值税扣税凭证开具所属月份或追溯至交易所属月份作为进项税额抵扣的税款所属期。
企业所得税的税前扣除遵循权责发生制原则。企业发生支出，应于支出发生时取得税前扣除凭证；未能及时取得的，企业应当在规定的汇算清缴期结束前取得税前扣税凭证，作为支出所属年度计算企业所得税应纳税所得额时扣除相关支出的依据；企业以前年度应当取得而未取得税前扣除凭证，且相应支出在该年度没有税前扣除的，在以后年度取得符合规定的税前扣除凭证，相应支出按照权责发生制原则追溯调整至该支出发生年度税前扣除，但追补年限不得超过五年。
需要注意的是，发票认证是增值税抵扣的前置条件，但并不直接影响所得税扣除。即，未按规定进行认证抵扣的发票等增值税扣税凭证，如符合企业所得税现行扣除政策规定，并不影响其作为企业所得税的税前扣除凭证。
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