碳市场连接机制在实践中面临着较大的挑战。如果不同的碳市场所在国面临不同的减排成本，则成本效益的不同可能导致双方的分歧。政治和国际关系也对碳市场的连接存在着一定的影响，一些国家可能并不愿意本国的碳资产外流，或者购买别国的碳资产。除此之外，碳市场的连接需要司法管辖及监管措施的高度协调，这也可能导致所在国政府对监管权丧失产生担忧，并导致较为冗长的谈判过程。
在世界银行出具的一份碳市场连接指引中指出，碳市场连接的影响因素主要有如下几点：
1、 市场完整性（market integrity），包括
碳交易市场以及维护碳交易市场的其他市场，例如
金融市场和
能源市场的稳定性和完整性；
2、 环境完整性（environment integrity），环境是碳资产定价机制和交易机制的重要影响因子，任何连接机制都应该确保环境的完整性，并最终达成实现改善环境的目标；
3、 透明度（transparency），参与碳市场连接的相关方都能够清晰地获取信息并自由交换信息，这需要市场连接的相关机制予以支撑；
4、 参与意向（Recognize ambition），允许各利益相关方以灵活的方式参与连接进程，并参与市场连接的早期行动；
5、 包容度（inclusiveness），包容更广泛的市场主体参与连接机制，促进更大层面上的国际合作；
6、 成本效益（Cost effectiveness），尽可能降低连接所需要的总体成本，包括行政成本和交易成本，鼓励提高经济效率。
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