配额分配过紧给火电企业带来更大经营压力。在现行市场形势下，煤价长期高位运行。随着新
能源发展，新能源的波动性使火电机组面临更高的调节要求，煤电利用小时下降。配额成本在电价中未疏导至用户。我国火电机组经历了多轮“上大压小”，进一步减碳空间十分有限。在这些情况下，配额分配过紧会为火电企业带来更大经营压力。
基准线的收紧尺度和更新时间尚不明确。
碳市场政策缺乏连续性，市场无法形成稳定预期，企业难以决策，容易导致市场流动性不足，增大企业履约难度。
基准线设置正向激励作用不足。目前，配额基准线设置在鼓励先进机组的同时，兼顾了小机组和特殊机组的生存需要，但对大容量、高参数、低排放和深度调峰机组的正向激励作用不够。如，600MW机组整体配额不足；燃气机组配额激励不够；配额分配方案的负荷率修正系数仅对纯凝机组适用，会出现部分大容量机组因供热量较小导致在纯凝状态下配额减少的问题。
碳市场覆盖范围相对单一。全国碳市场设计时，已经考虑覆盖发电、
钢铁、建材、有色、石化、化工、造纸、
航空八大行业，但目前仅纳入发电行业。由于单一行业内的技术水平、要素结构、风险因素等方面较为相似，导致碳市场存在潜在的结构性风险，不利于实现全社会低成本减排。
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