由于德国
碳市场的建设初衷是作为欧盟碳市场的减排补充，因此在各个核心要素设计上二者存在明显区别，以下将从两大碳市场的出发点、排放上限、覆盖行业、碳价设定等方面出发，分析二者的区别之处。
1.出发点不同
nEHS的出发点在于将下游庞大数量的直接排放个体的减排责任前移至上游带来间接排放的燃料制造商、分销商等，由上游购买配额为下游的直接排放买单，同时上游可将其经济负担转嫁给下游的消费者，价格的上涨使消费者更倾向于减少消耗——例如翻新建筑物、改用电动汽车或安装更节能、更环保的供暖系统等，反过来又会减少
碳排放，使下游间接与nEHS挂钩；然而EU-ETS的出发点在于要求下游带来直接排放的设备或工厂等参与碳市场交易。
值得注意的是，在实际操作过程中，部分德国企业会不可避免地出现双重履约的现象，如燃料属于nEHS投放市场范围内的同时也被传输到受EU-ETS约束的设施并使用，设施的运营者理论上会面临承担双份排放成本的风险。因此，BEHG设置了两项机制来规避这种情况：
提前扣除燃料量：如果源头的燃料销售方传输燃料至EU-ETS的下游设施，那该部分燃料量需承担的履约责任可以免除。但这并非自动免除机制，需要管理下游设施的企业提交意向使用声明、成本豁免确认和使用确认三项声明。使用确认必须在3月31日前提交至DEHSt，同时也需转发给供应商，供应商在7月31日截止日期前将该确认同排放报告一并提交，此后便可将EU-ETS下的排放交付量从nEHS报告中扣除。
后续补偿：如果提前扣除的机制无法实现，EU-ETS的设施运营方可以提交申请，对nEHS的额外成本要求后续补偿。
2.排放上限（cap）的计算不同
在引入阶段，nEHS没有设置排放上限，企业可以按照自身需求购买配额。而在拍卖阶段，nEHS中的排放总量上限由两部分加总构成：基础量的基数为德国在ESR定义下的减排目标，再乘以nEHS中燃料排放量占德国在EU-ETS涵盖行业之外总排放量的比重，所得结果便是nEHS的年度配额基础量；此外，由上文可知，有些企业可能会面临两个碳市场的双重约束，这部分不计入基础量，而是被作为增量。
而EU-ETS的排放上限并不涉及重复量计算，仅对固定设施和
航空业的排放总量有指标设置，且每年按照2.2%的线性减少因子递减。
3.覆盖行业不同
nEHS针对的是当前EU-ETS尚未覆盖到的建筑和交通行业，涉及的利益相关者较为复杂。另外，EU-ETS将在2027年起，仿照德国的上游模式，实施一个新的ETS II，以涵盖道路运输和建筑以及其他工业部门的燃料分配，该系统将独立于现有的EU-ETS运行。
4.碳价设置方式不同
nEHS中不存在免费配额分配，且为了让企业更好地适应市场供需决定碳价的阶段，德国政府在2021-2025年执行一段固定价格的引入期，后续再转为拍卖；而EU-ETS仍有一部分配额免费发放，碳价由市场配置。
表 2 nEHS和EU-ETS现阶段运行模式对比
来源：ICAP官网. IIGF根据公开资料整理
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