由于碳普惠核证减排量交易采用的是独立于温室气体减排交易机制之外的运行模式，实践中带给后者的影响不容小觑。首先，按照各地碳普惠政策，碳普惠核证减排量同CCER一样，可以冲抵企业
碳排放配额。这实际上是在我国温室气体自愿减排交易市场上增加了一款CCER同类竞争产品，势必对CCER市场及其交易价格产生影响。其次，碳普惠项目在项目审定及其减排量核算等方面的要求相对简便，比CCER项目开发更具成本优势。实践中，项目方可能更倾向于开发碳普惠项目，从而对CCER的项目开发产生影响。最后，目前，碳普惠的核证自愿减排量交易以试点区域为限，采取“各自为战”的运行模式，相互之间缺乏联系，在方法学和管理机制方面各地存在差异，其对我国温室气体自愿减排交易机制的影响还未完全明显化。
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