资源环境要素市场化配置体系的基本逻辑，是在政府设定总量管理目标和科学初始分配配额基础上，由各交易主体以实际使用或排放额同初始配额之间的差额余缺为标的的交易体系，初始配额的确定和分配是整个市场有效运转的核心。《意见》明确，资源环境要素交易市场的配额分配要与资源环境目标相衔接，如
碳排放权交易与碳排放双控制度衔接，用水权交易和相关水资源分配、调度、监管等制度衔接，排污权与排污许可制度等衔接，让资源环境要素交易真正体现资源环境要素的稀缺性和外部性。同时，健全配额分配和出让制度，在不同主体、区域间合理分配碳排放配额、用水权、排污权，在碳排放权、排污权等领域探索开展初始有偿分配。
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