国有大型商业银行改革取得重大成就。1979年为配合实施“拨改贷”，国家陆续成立和建立各类国有专业银行，逐步打破国有专业银行之间的分工，剥离政策性业务，使其转变为市场竞争主体。但由于
金融标准规制不规范、公司治理结构不完善、资本金不足等原因，加之受到1997年亚洲金融风波的冲击，银行业积累了大量不良贷款，一度被国内外一些学者认为中国国有大型商业银行已到“技术性破产”边缘。此后国家通过发行特别国债，设立四家金融资产管理公司专门接受、处置从国有商业银行剥离的1.4万亿元不良贷款，但是仍未触及国有大型商业银行体制机制等深层次改革。
2002年2月，第二次全国金融工作会议明确提出，要对国有大型商业银行进行股份制改造，条件成熟的可以上市。2003年，中央决定由人民银行牵头，研究国有大型商业银行改革问题，人民银行创造性地提出运用国家外汇储备注资大型商业银行，设计了核销已实际损失掉的资本金、剥离处置不良资产、外汇储备注资、境内外发行上市的“四步曲”改革方案。2003年9月，经党中央审定，国务院批准人民银行牵头起草的关于国有大型商业银行股份制改革的总体方案。按此方案，交通银行、建设银行、中国银行、工商银行、
农业银行陆续进行股份制改革，剥离不良资产，大幅充实资本金，并成功上市，逐步建立了相对规范的公司治理结构，内部管理和风险控制能力、市场约束机制明显增强，资产规模和盈利水平均跃居全球前列。2011年以来中国银行、工商银行、农业银行和建设银行先后入选全球系统重要性银行（G-SIBs）。实践证明，正是通过改革，大型金融机构的健康性才得以实现质的飞跃，我国金融体系才能成功抵御2008年国际金融危机的严重冲击。
农村信用社改革深入推进。1996年，农村信用社与农业银行脱钩，归口人民银行管理。1998年以后，国务院先后成立了整顿工作小组和改革调研小组，对农村信用社进行了规范整顿，农村信用社的实力有所增强，但依然存在着产权关系不清晰、管理体制不健全、历史包袱重、资产质量差等问题，到2002年末，全国农村信用社不良贷款率高达50%左右，97.8%的农村信用社资不抵债。2002年第二次全国金融工作会议后，国务院成立了由人民银行牵头的深化农村金融和农村信用社改革专题工作小组，对农村信用社改革和发展提出了“明晰产权关系，强化约束机制，增强服务功能，国家适当扶持，地方政府负责”的总体要求。2003年6月，
浙江省等8个省份开始实施农村信用社改革试点，并分阶段向全国推广。人民银行通过发放专项中央银行票据和专项再贷款，帮助试点地区农村信用社化解历史包袱。同时，在专项借款和专项票据发行、兑付条件，以及考核程序的设计上，把资金支持与农村信用社改革进程紧密结合起来，引导农村信用社逐步“上台阶”。在正向约束激励机制作用下，农村信用社的资产质量、盈利能力、支农资金实力、可持续性经营能力均得到明显提高。
开发性、政策性金融机构改革有序推进。为改变国有商业银行政策性业务与商业性业务不分、道德风险严重的局面，1994年，国家陆续成立了国家开发银行、中国进出口银行、中国农业发展银行三家政策性银行。经过十几年的发展，政策性银行不断壮大，但也不同程度存在业务边界不清、治理结构不完善等问题。按照2007年全国金融工作会议明确的分类指导、“一行一策”的改革原则，人民银行会同有关部门首先推进国家开发银行商业化转型，对国家开发银行资本金进行了补充，构建了较为规范的公司治理架构。2008年国际金融危机爆发后，开发性、政策性金融服务国家战略的重要性、必要性凸显。人民银行通过外汇储备注资、明确债券信用政策等方式，为开发性、政策性金融机构改革提供资金支持，提高资本充足率；制定了三家银行的章程，推动健全公司治理结构和风险防控体系。通过改革，进一步强化了中国进出口银行、中国农业发展银行的政策性职能定位，明确了国家开发银行开发性金融定位，三家机构的资本实力和抗风险能力显著增强，治理结构、约束机制显著改善。
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