卡耐基科学研究所博士后研究员冯艳蕾告诉《知识分子》，自然系统的碳循环远比市场中的碳核算要复杂。首先，树木被种下之后，一般至少需要5到10年的时间才能开始起到净吸收二氧化碳的作用，所以在造林和真正实现负排放中间还有很长的滞后性。其次，林场一般会因为物种单一的缘故，比原生林需要更多维护及病虫害防治，这带来了额外的人力需求和环境影响。
而最大的不确定性则来自树林实现负排放的稳定性。从碳的角度看，森林是具有两面性的。生长中的森林光合作用远大于呼吸作用，从空气中吸收碳，是天然的二氧化碳储存库；而遭到人为损害或者自然死亡的森林又会释放出之前存储的碳，从而成为排放二氧化碳的碳源。“一般来说，一棵树大致需要数十年才能够完全成熟，于是它的负排放潜在期限一般是100年。然而随着气候变化导致的极端天气增加，更多的山火、干旱、飓风、洪涝和病虫害会导致更多的树木被烧毁或腐蚀，一旦发生，其储存的碳也会返回大气中”，冯艳蕾说。
卡耐基科学研究所博士后研究员孙武解释说，“目前，林业碳汇一般会签署20到40年一期或更长期的合同，但是购买或者销售林业碳汇的公司并不一定会存在这么多年。若最初的合同方已经不在了，那么谁来负责管理种植的树林呢？在此情况下，树木可能会被砍伐、被山火烧毁或受虫害侵扰”。
当被问及林业碳储存测算方法的科学基础，孙武表示，正因为自然系统的复杂性，一片森林的二氧化碳吸收与排放的长期测量、监控、汇报和验证（MMRV）还没有建立非常完备的体系。虽然针对生态系统的二氧化碳交换的观测网络正在稳步扩张，相关数据如何指导林业碳汇的管理仍是亟待解决的科学和政策问题。热带、寒带、温带不同类型的森林有多少新增碳汇的潜力也存在分歧。因此，MMRV研究以及能力建设已是今后美国科研资助机构的重点。
此外，不同的地区适宜种植的树木种类也不尽相同，气候、坡度、海拔、土壤和山火及病虫害风险等因素也可能制约森林的可持续管理。一个突出的例子就是北美大陆的西部随着山火、干旱、热浪和虫害的频发，已被认为不适合作为长期稳定的碳信用提供源区。
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